Pe 12 martie 2000, într-un act istoric fără precedent, Papa Ioan Paul al II-lea a cerut iertare pentru păcatele comise de Biserica Catolică de-a lungul existenței sale milenare.
În cursul unei ceremonii organizate special pentru acest eveniment, șase cardinali au enumerat, pe rând, păcatele de care se face vinovată Biserica, pentru fiecare dintre ele Suveranul Pontif cerând iertare lui Dumnezeu.
Cardinalul german Joseph Ratzinger, reprezentantul congregației pentru doctrina credinței, l-a invitat pe Papă și pe cei zece mii de prelați și pelerini adunați în catedrala Sfântul Petru să mărturisească „greșelile comise în serviciul adevărului”, amintind în acest sens de „metodele ne evanghelice” la care au recurs creștinii în special în timpul Cruciadelor sau în epoca Inchiziției.
Ioan Paul al II-lea s-a adresat divinității, recunoscând că „în anumite perioade ale istoriei, creștinii au recurs adesea la metodele intoleranței, pătând fața Bisericii”. Papa a cerut „cu tărie” iertarea lui Dumnezeu pentru faptul că creștinii „au fost în tabere adverse și sunt divizați”, că „s-au condamnat reciproc” prin excomunicări reciproce în perioada marilor schisme și că „au luptat unii împotriva celorlalți”.
Cardinalul francez Roger Etchegaray, președintele comitetului pentru Jubileu și unul dintre organizatorii acestei Zile a iertării, a mărturisit păcatele care „au rupt unitatea” creștinilor, exprimându-și dorința ca Dumnezeu să „netezească drumul către reconciliere”.
Cardinalul australian Edward Cassidy, președintele Consiliului pentru promovarea unității creștinilor, a invitat adunarea să se roage pentru „greșelile” comise față de evrei. „Suntem profund întristați de comportamentul celor care, în cursul istoriei”, i-au făcut pe evrei sa sufere, a comentat Suveranul Pontif, „cerând iertare” lui Dumnezeu și angajîndu-se, în numele Bisericii Catolice, „să trăiască într-o fraternitate autentică cu poporul Legământului”.
Arhiepiscopul japonez Fumio Hamao, președintele Consiliului pontifical pentru emigranți și popoare itinerante, a mărturisit „greșelile comise prin comportamente contrare dragostei, păcii, drepturilor popoarelor, respectului culturii şi religiilor”. Evocând mai ales perioada colonizării, precum și pe cea a primelor expediții misionare, Ioan Paul al II-lea a recunoscut că „prea adesea creștinii au nesocotit evanghelia și, cedând logicii forței, au încălcat drepturile etniilor și popoarelor, disprețuind-le cultura și tradițiile religioase”.
Cardinalul nigerian Francis Arinze, președintele Consiliului pontifical pentru dialog interreligios, a mărturisit „păcatele care au rănit demnitatea femeii și unității speciei umane”. Ioan Paul al II-lea a cerut iertare Domnului pentru faptul că „creștinii s-au făcut vinovați de atitudini de marginalizare și excludere, consimțind discriminări motivate prin diferența de rasă sau etnie”.
În sfârșit, arhiepiscopul vietnamez François Xavier Nguyen Van Thuan, președintele Consiliului pontifical pentru dreptate și pace, a mărturisit „păcatele comise în ceea ce privește drepturile fundamentale ale persoanei”.
La fiecare mărturisire, a fost aprinsă o lumină în fața unui crucifix din secolul al XIV-lea, pe care apoi Papa Ioan Paul al II-lea l-a sărutat în semn de penitență și venerație.
