După înfrângerea curuţilor (partida maghiară anti-habsburgică) la începutul secolului al XVIII-lea, se instalează şi în partea centrală a Transilvaniei administraţia austriacă. Stăpâni ai pământului din zonă rămân în continuare nobilii maghiari, dar peste autoritatea acestora se suprapune cea a statului austriac. Iobagii români ajung de multe ori să fie impozitaţi de două ori, prima dată de nobilul care îi era stăpân, a doua oară de statul austriac. În scurt timp, de la începutul secolului al XVIII-lea şi până la mijlocul acestuia, deci într-o perioadă de numai 60 ani, impozitele impuse iobagilor români au crescut de câteva ori, ajungând la sume importante, foarte greu de suportat de către aceştia. În mod particular, în centrul Munţilor Apuseni, unde iobagii români erau supuşi ai fiscului austriac, iniţial impozitele erau mici, mai ales din cauza inaccesibilităţii zonei. Impozitele au crescut însă masiv după ce un dezertor de origine română din armata austriacă, Macavei Bota, după ce s-a adăpostit la românii din Munţii Apuseni mai mulţi ani şi a cunoscut zona în detaliu, fiind prins de autorităţi şi condamnat la moarte pentru dezertare, pentru a-şi salva viaţa, a denunţat faptul că românii din munţi sunt impozitaţi mult sub posibilităţi şi că de la ei s-ar putea stoarce sume de bani mult mai mari. Acest fapt a concentrat atenţia autorităţilor fiscale asupra munţilor, împovărând extraordinar de mult populaţia, care şi aşa trăia greu în condiţiile climatului aspru din Munţii Apuseni, contribuind în timp la adunarea nemulţumirilor şi a creat condiţii favorabile pentru răscoală.
La impozitele foarte mari s-a adăugat creşterea numărului de zile de lucru datorate nobililor sau statului de către iobagi. În plus, iobagilor li s-au luat unele drepturi pe care le aveau din strămoşi, cum ar fi dreptul asupra pădurilor, care iniţial au fost ale lor, fiind luate de la ei prin înşelăciune de către nobili sau administraţia austriacă.
Pentru a-şi recâştiga drepturile pierdute şi pentru a cere uşurarea impozitelor, iobagii români din Munţii Apuseni au trimis în anii dinaintea răscoalei o serie de delegaţii către guvernul Transilvaniei de la Sibiu şi către Curtea imperială de la Viena cu petiţii prin care îşi arătau plângerile. Petiţiile au rămas fără răspuns în cele mai multe cazuri, iar delegaţii au fost arestaţi, bătuţi, amendaţi sau aruncaţi în închisoare, pentru că legile timpului interziceau iobagilor să se plângă. Horea însuşi a fost de patru ori la Viena cu petiţiile iobagilor, dar uşurările promise în urma depunerii acestor petiţii nu au fost semnificative în îmbunătăţirea situaţiei iobagilor români din Ardeal.
În vara anului 1784, având nevoie de soldaţi pentru războaiele pe care le ducea împotriva turcilor şi francezilor, împăratul austriac Iosif al II-lea a aprobat recrutarea unui număr suplimentar de soldaţi în regimentele de grăniceri din Transilvania. Aceste regimente serveau deja în luptă începând din anul 1778. Ţăranii iobagi înrolaţi în aceste regimente de grăniceri scăpau de iobăgie, primind toate drepturile unor cetăţeni liberi, având doar îndatoriri militare. Din cauza situaţiei grele în care trăiau pe moşiile nobililor sau ale statului austriac, un număr mare de iobagi s-a îndreptat spre centrele de recrutare. Nobilii îşi vedeau astfel direct ameninţate interesele, într-un mod grav, deoarece prin înrolarea iobagilor de pe moşiile lor pierdeau o importantă forţă de muncă gratuită şi deci o sursă importantă de câştig. Ei s-au opus plecării iobagilor lor spre înrolare, aceasta fiind scânteia care a declanşat răscoala iobagilor din anul 1784, condusă de Horea, Cloşca şi Crişan.
În ziua de 31 octombrie 1784 se adunaseră la biserica din Mesteacăn 600 ţărani iobagi din Zărand şi din Munţii Apuseni. La întâlnire au venit Crişan şi Cloşca, Horea fiind bolnav nu a putut participa. Crişan le-a arătat ţăranilor o cruce de aur primită de la Horea, care i-ar fi fost dăruită acestuia din urmă de însuşi împăratul Iosif al II-lea odată cu o scrisoare prin care împăratul îi îndemna pe români să meargă să se înroleze în regimentele de grăniceri. Preotul din Mesteacăn a întărit cele spuse de Crişan, astfel că iobagii au pornit imediat spre Alba Iulia spre a se înrola în armată, pentru a scăpa de iobăgie.
La puţine zile de la izbucnirea răscoalei Horea a trimis nobilimii maghiare, reprezentată prin Tabla comitatului Hunedoara, un ultimatum care cuprinde de fapt scopurile izbucnirii răscoalei.
Programul răscoalei a fost iniţial unul social, având ca scop nivelarea diferenţelor de clasă socială şi instaurarea unei echităţi sociale. Datorită faptului că cea mai mare parte a nobililor din Transilvania era de origine maghiară (sau români maghiarizaţi complet) a fost necesar doar un mic pas pentru a se trece de la scopul social al răscoalei la scopul naţional al acesteia, răsculaţii din Zărand şi Munţii Apuseni fiind în majoritate români.
Răscoala izbucnită pe data de 31 octombrie 1784 la Mesteacăn, judeţul Hunedoara, s-a întins cu repeziciune în toată Transilvania. În mai puţin de două săptămâni răscoala cuprinsese comitatele de pe actuala suprafaţă a judeţelor Alba, Arad, Hunedoara, Cluj, Mureş şi Sălaj.
Cea mai violentă manifestare a răscoalei a avut loc în judeţele Hunedoara şi Alba, unde aceasta izbucnise şi de unde îşi aveau originea şi conducătorii răscoalei.
Apoi răscoala s-a întins spre Deva şi spre Abrud. La 5 noiembrie 1784 Horea, Cloşca şi Crişan intră în oraşul Câmpeni, judeţul Alba, în fruntea răsculaţilor. În Câmpeni şi în toate satele din împrejurimi s-au întâmplat aceleaşi scene ca şi în Zărand, iobagii încercând să şteargă diferenţele de statul social dintre ei şi nobilii de orice origine etnică, maghiară sau română. După căderea oraşului Câmpeni în mâna iobagilor români, au urmat Abrudul şi Roşia Montană, unde de asemenea nobilii care au vrut să scape cu viaţă au fost obligaţi să treacă la religia ortodoxă.
Armistiţiul instituit la 12 noiembrie a folosit însă austriecilor, pentru că după cele 8 zile de la întreruperea ostilităţilor, furia ţăranilor se domolise şi aceştia nu mai aveau forţa de a se opune şi de a continua răscoala.
În Zărand a fost trimis pentru a obţine un armistiţiu cu ţăranii răsculaţi medicul român Ioan Piuariu-Molnar din Sibiu. Acesta a obţinut de la iobagii răsculaţi un armistiţiu de 15 zile, promiţându-le că va remite autorităţilor revendicările lor.
Cel mai însemnat ajutor dat austriecilor a fost cel al episcopilor bisericii ortodoxe Nichitici, Petrovici şi Popovici, care au fost personal în zonele răsculate şi au încheiat armistiţii cu iobagii răsculaţi. Aceşti episcopi erau de origine sârbă, biserica ortodoxă română fiind supusă în acea vreme celei sârbe, ca politică de dezbinare dusă de habsburgi.
Toate armistiţiile au fost încheiate cu promisiunea că revendicările ţăranilor români vor fi transmise guvernului Transilvaniei de la Sibiu, dar guvernatorul Ardealului, Samuel Bruckenthal nu a luat în considerare plângerile răsculaţilor şi nu a dorit să discute cu ei.
Văzând Horea, după expirarea termenului armistiţiului de la Tibru, că nici o promisiune nu a fost respectată şi că revendicările lor nu au primit nici un răspuns a pornit a doua ridicare la arme a iobagilor români. Horea plănuia ca de această dată să ridice sub arme un număr mult mai mare de iobagi, cu care să atace oraşul Abrud, după care să cucerească oraşele Zlatna, Aiud, Deva şi toate localităţile până la Huedin.
Pe 30 noiembrie guvernul Transilvaniei a publicat amnistia generală, pentru a stăvili reînceperea răscoalei, dar ţăranii au refuzat-o şi au continuat să atace patrulele de soldaţi trimise împotriva lor.
Prima ştire despre izbucnirea răscoalei în Transilvania a ajuns la Viena în dimineaţa zilei de 12 noiembrie 1784, cu întârzierea specifică mijloacelor de comunicare din epocă. Vestea răscoalei a căzut într-un moment cât se poate de prost pentru împăratul austriac Iosif al II-lea, care se găsea în faţa izbucnirii unui posibil război european. El se afla în conflict cu olandezii, care la începutul lunii octombrie opriseră intrarea unei nave sub pavilion imperial spre gurile Scheldei, de unde a pornit un conflict deschis. De aici, scenariul posibil era pornirea unui război împotriva Imperiului austriac, Olandei aliindu-i-se Prusia şi Franţa. Imperiul rus avea o poziţie neprecizată, iar Imperiul otoman era şi el interesat de conflict. Lucrurile erau şi mai complicate în urma ideii Austriei de a schimba Olanda pentru Bavaria. Răscoala românilor nu numai că îl punea pe Iosif al II-lea în situaţia de a-şi dispersa forţele necesare în caz de război, dar îi crea şi o imagine negativă, dând idei şi altora de a se răscula pe cuprinsul Imperiului austriac.
Din aceste motive, prima reacţie a împăratului austriac a fost să ordone deplasarea de forţe militare importante în Transilvania şi să ordone reprimarea rapidă şi dură a răscoalei, în aceeaşi zi în care a primit noutăţile. Astfel, regimentele De Vins şi Wurtemberg au primit ordin să se deplaseze în Transilvania şi să acţioneze împreună cu armata deja existentă în provincie. S-a cerut trimiterea artileriei din cetatea Timişoara împotriva românilor, iar de la Buda alte piese de artilerie cu muniţia aferentă. Pe capul conducătorilor răscoalei s-a pus un premiu de 300 ducaţi. Regimentele de grăniceri români de la Orlat şi din Caraş urmau să fie ţinute sub supraveghere strictă, deoarece fiind formate din români, austriecii nu aveau încredere că nu vor trece de partea răsculaţilor.
A fost trimisă la faţa locului o comisie imperială condusă de contele Anton von Jankovich, numit comisar imperial, care avea scopul de a elucida cauzele izbucnirii răscoalei, modul de răspândire a acesteia şi pedepsirea vinovaţilor, atât din rândul ţăranilor români, cât şi din rândul funcţionarilor şi nobililor care s-au făcut vinovaţi prin abuzurile lor de crearea condiţiilor pentru ca românii să se revolte.
După expirarea timpului de opt zile convenit între răsculaţi şi vicecolonelul Schultz în armistiţiul de la Tibru, autorităţile austriece trebuia să le dea un răspuns ţăranilor români, chiar dacă acestea erau conştiente că nu le vor putea da răspunsurile pe care ei le aşteptau. Întâlnirea trebuia totuşi să aibă loc. Guvernul de la Sibiu a refuzat să discute cu răsculaţii, considerând nedemn de el să trateze cu românii înarmaţi care se ridicaseră împotriva stăpânirii şi că ar da un exemplu rău altora care ar îndrăzni să se răzvrătească.
În seara zilei de 17 noiembrie, generalul Pfefferkorn, consilierul Michael von Brukenthal şi vicecolonelul Schultz se întâlniră pentru a stabili planul de acţiune în legătură cu ce era de făcut când vor discuta din nou cu românii. Ei au prevăzut ca vicecolonelul Schultz îi convoace pe conducătorii românilor undeva între Cricău şi Tibru, să le citească patenta gubernială, să îi cheme la linişte şi să îi ameninţe cu rigorile legii dacă nu se vor supune. Era prevăzut să nu se răspundă la nici una dintre revendicările românilor.
În acelaşi timp, Horea a poruncit satelor să se ridice din nou sub arme, probabil dându-şi seama că lucrurile nu evoluează în favoarea lui. La 20 noiembrie vicecolonelul Schultz se duse la Câmpeni pentru a se întâlni cu Horea, care însă a venit numai a doua zi. Toată noaptea tulnicele au sunat în munţi pentru a aduna ţăranii.
Planul austriecilor era să atace munţii din mai multe direcţii simultan. Au fost alocate mari forţe militare, astfel: o companie de infanterie din Regimentul Gyulay de la Cluj trebuia să plece la Câmpeni, o alta din acelaşi regiment la Baia de Arieş; două companii de infanterie rămâneau la Mediaş, altele două pornind spre Alba Iulia; la Alba Iulia se găseau trei companii din Regimentul Orosz şi altele două din Regimentul Gyulay; o subunitate austriacă rămânea la Zlatna, alta pleca spre Abrud; două companii de grenadieri plecau spre Deva, iar alţi grenadieri spre Orăştie; o subunitate de husari din Regimentul de Toscana rămânea la Aiud, două escadroane ţineau zona de la Turda la Sântimbru, altele două pe cea de la Sebeş la Deva, altele două pe cea de la Deva până la Hunedoara şi Haţeg; un batalion de secui sau oricare altul disponibil urma să ocupe Zarandul. Mai era prevăzut încă un batalion de infanterie pentru restabilirea şi păstrarea liniştii. Comanda trupelor se afla la Sebeş, în mâna generalului Pfefferkorn, iar comanda supremă era în mâna generalului Preiss, la Sibiu.
În ultimele zile ale lunii noiembrie ţăranii români din satele domeniului Baia de Arieş, împreună cu cei din satele Ponor, Sălciua, Mogoş, Râmeţ, Lupşa, Valea Vinţii şi Valea Şază au făcut o înţelegere cu funcţionarii şi minerii minelor din Baia de Arieş, cu scopul de a preveni intrarea armatei în zonă. Înţelegerea prevedea ca ţăranii să protejeze funcţionarii şi minerii cu averile şi familiile lor, în schimb aceştia să nu cheme armata; pricinile ivite în viitor între români să fie judecate de un jude neamţ; nici un ungur să nu mai aibă voie să se stabilească pe domeniul Băii de Arieş. Comunicată de autorităţile locale către cele superioare, convenţia fu respinsă atât de armată, cât şi de guvern.
Până la finalul răscoalei, în Transilvania se concentraseră următoarele trupe austriece: patru batalioane de câmp, două batalioane de garnizoană, şapte batalioane de grenadieri, de divizioane de dragoni, patru divizioane de husari şi patru batalioane de grăniceri, plus un număr de piese de artilerie cu servanţii lor[14].
Odată cu publicarea amnistiei generale, armata austriacă a pornit spre centrul Munţilor Apuseni pe mai multe drumuri. În unele localităţi au avut loc lupte cu răsculaţii, cele mai multe fiind câştigate de iobagii români. Unele localităţi răsculate au depus armele, fiind convinse să se liniştească de către episcopii sârbi care însoţeau armata austriacă.
Lovitura de graţie dată răscoalei ţărăneşti a iobagilor români din Munţii Apuseni a fost dată în lupta de la Mihăileni. Câteva sute de ţărani înarmaţi în majoritate cu unelte agricole au fost somaţi de armata austriacă să depună armele şi să se întoarcă în linişte acasă. Apelul nu a avut ecou în rândul răsculaţilor, astfel încât episcopul Nichitici, care însoţea armata, încearcă şi el să convingă răsculaţii să se liniştească. Vorbind stricat româneşte, este luat în derâdere de către răsculaţi, care refuză să se dezarmeze. În urma acestor eşecuri în pacificarea răsculaţilor, armata austriacă deschide focul împotriva iobagilor români, care fiind prost înarmaţi, sunt înfrânţi rapid şi cu mari pierderi.
Victorioşi după lupta de la Mihăileni, austriecii ocupă rapid Abrudul şi Câmpenii, iar Horea este nevoit la începutul lunii decembrie 1784, din cauza iernii, să îşi împrăştie restul de oaste rămas, cu intenţia de a reporni răscoala în primăvara anului 1785.
După desfiinţarea oastei ţărăneşti Horea şi Cloşca se ascund în Munţii Apuseni, în Ţara Moţilor. Unele surse spun că doreau să plece la Viena într-o audienţă la împărat, alte surse spun că se ascundeau în aşteptarea primăverii, cu scopul de a reîncepe răscoala.
Pe 27 decembrie 1784, fiind trădaţi de câţiva ţărani români din zona Albac, Horea şi Cloşca sunt prinşi de armata austriacă.
La 30 decembrie 1784 sunt duşi la Abrud, iar la 2 ianuarie 1785 ajung la Alba Iulia, unde sunt întemniţaţi în cetate, Horea într-o celulă aflată la etajul porţii Carol al VI-lea, iar Cloşca în clădirea Gărzii mari. Erau păziţi zi şi noapte de santinele postate în faţa uşii şi în interiorul celulelor.
La 30 ianuarie 1785 este prins şi Crişan, care se ascundea în munţi deghizat în cerşetor. Crişan a fost şi el prins prin trădare, cu concursul unor ţărani români. El a fost adus la cetatea din Alba Iulia pe data de 1 februarie 1785 şi întemniţat tot în fortăreaţă, în temniţa de sub poarta nouă.
Pentru răsplătirea celor care au participat la prinderea lui Horea şi Cloşca, împăratul Iosif al II-lea a dispus la 14 ianuarie 1784 recompensele. Astfel, cei şapte ţărani români din Albac care i-au prins efectiv pe Horea şi Cloşca urmau să fie eliberaţi din iobăgie, atât ei, cât şi urmaşii lor, şi să primească suma de 600 ducaţi pe care să o împartă între ei. Pădurarul Meltzer urma să primească 100 ducaţi. La capturare au colaborat, deşi nu direct, 2 ofiţeri şi 159 soldaţi din cavalerie şi infanterie. Pentru aflarea cauzelor răscoalei, cu scopul de a preveni alte ridicări ale ţăranilor români, împăratul Iosif al II-lea a desemnat încă de la 19 noiembrie 1784 o comisie imperială condusă de contele Anton von Jankovich. Toate autorităţile din Transilvania, atât cele militare, cât şi cele civile, urmau să se subordoneze total acestei comisii şi să îi dea necondiţionat tot sprijinul pentru elucidarea cauzelor răscoalei, anchetarea celor capturaţi, liniştirea atât a ţăranilor, cât şi a nobililor, judecarea şi pedepsirea celor găsiţi vinovaţi de răscoală. Această subordonare a autorităţilor din Transilvania era necesară deoarece existau fricţiuni majore între armată şi conducerea civilă, între guvern şi comitate, între nobili şi autorităţile austriece şi nu în ultimul rând, marele conflict care dusese la izbucnirea răscoalei, cel dintre nobili, funcţionari pe de o parte şi ţăranii români, pe de altă parte.
Unul dintre primele lucruri pe care contele Jankovich le-a comunicat autorităţilor civile locale a fost interzicerea oricărei execuţii de prizonieri din rândul răsculaţilor. Deşi aceştia se aflau întemniţaţi şi anchetaţi deja de autorităţile locale, ei urmau să fie anchetaţi din nou de comisia imperială de anchetă, iar pedepsele să fie pronunţate numai de către aceasta, indiferent ce alte decizii luaseră anterior alte autorităţi. Scopul acestei decizii era de a se proceda cu maximă grijă în privinţa românilor, pentru că autorităţile imperiale considerau că brutalizarea acestora nu putea duce decât la prelungirea conflictului şi la stârnirea altor nemulţumiri, cu urmări posibil şi mai grave. De partea opusă se aflau autorităţile locale, din care făceau parte mulţi maghiari, şi nobilimea, în marea masă de origine maghiară, care cereau pedepse maxime şi cât mai dure, multe dintre ele implicând tortura şi moartea celor acuzaţi. Un alt scop al comisiei imperiale era liniştirea ţăranilor şi aducerea lor acasă din locurile unde fugiseră de teama represaliilor, mai ales a celor venite din partea nobilimii, iar în partea de final a răscoalei, din partea armatei austriece.
Comisia imperială avea ordin ca anchetarea prizonierilor să se facă “beningnum examen”, adică doar prin întrebări, fără folosirea torturii, ceea ce pentru epocă era destul de neobişnuit, tortura în anchetare fiind considerată normală.
Pentru a recompensa pe cei care îi prinseseră sau contribuiseră întrucâtva la prinderea lui Horea, Cloşca şi a lui Ursu Uibaru (un conducător de rang mai mic al răscoalei), împăratul Iosif al II-lea decis atribuirea unor premii în bani şi alte beneficii. Comisarul gubernial Mihail Brukenthal a decis ca acordarea recompenselor să fie făcută în mod solemn şi public, pentru a arăta cum ştie împăratul să răsplătească pe cei care îl servesc şi pentru a-i îndemna şi pe alţii să procedeze la fel în viitor.
La data de 5 februarie, împăratul încă nu aflase de capturarea lui Crişan (o va afla numai la 7 februarie), drept pentru care cei care l-au prins pe Crişan nu au fost introduşi în această acţiune, ei fiind recompensaţi mai târziu cu sume de bani.
După capturarea conducătorilor răscoalei, nobilimea maghiară a cerut austriecilor, prin comitele Albei, baronul Kemeny, să îi judece ea pentru faptele lor. Cererea le-a fost respinsă, împăratul Iosif al II-lea numindu-l pe contele Jankovich să facă interogatoriul celor trei prizonieri. Întinderea răscoalei şi viteza foarte mare de propagare a acesteia a dat de gândit austriecilor, care nu au considerat că mişcarea iobagilor români a fost una întâmplătoare şi spontană. Domeniul Zlatnei şi-a cerut şi el drepturile, solicitând cel puţin participarea unui reprezentant al său la proces. Însuşi comisatul Guvernului, Mihail Brukenthal a cerut în mod repetat să asiste la proces, dar a fost refuzat, cerându-i-se în acelaşi timp să predea comisarului imperial, contele Jankovich, eventualele dovezi pe care le-ar deţine împotriva lui Horea. Din această cauză guvernatorul, Samuil Brukenthal, s-a plâns însuşi împăratului, care însă a încuviinţat atitudinea comisarului imperial.
Sentinţa lui Horea, Cloşca şi Crişan era deja hotărâtă de împăratul austriac Iosif al II-lea. Dispoziţiile lui, date la 10 ianuarie 1785.
Scopul cercetărilor şi a procesului era doar pentru stabilirea cauzelor răscoalei şi a implicaţiilor acesteia, precum şi necesitatea de a se regiza o judecată şi aduse dovezi pentru confirmarea sentinţei deja hotărâte.
La 13 februarie 1785 Crişan a fost găsit mort în celulă. El s-a sinucis prin strangulare, profitând de faptul că nu era păzit de santinele în interiorul celulei sale şi ştiind ce soartă îl aşteaptă la finalul judecăţii. A doua zi, 14 februarie, s-a pronunţat sentinţa asupra cadavrului său şi anume să fie târât la locul de execuţie, să i se taie capul, iar trupul să îi fie despicat în patru bucăţi. Capul lui Crişan a fost expus în ţeapă la Cărpiniş, iar cele patru bucăţi ale trupului său au fost expuse pe roată astfel: o parte de sus a trupului la Abrud, cealaltă parte de sus la Brad, o parte de jos la Bucium, iar cealaltă parte de jos la Mihăileni, ca avertisment şi exemplu pentru cei care ar mai îndrăzni pe viitor să se mai răscoale. Sentinţa s-a executat la 16 februarie 1785.
Pe data de 26 februarie 1785 a fost pronunţată sentinţa lui Horea şi lui Cloşca, ce îi condamna la moarte prin tragere pe roată, trupurile lor urmând a fi dezmembrate şi expuse în diferite părţi din Munţii Apuseni, ca exemplu şi avertisment pentru cei care ar mai îndrăzni să se răscoale. Intestinele şi inimile lor urmau să fie îngropate la locul execuţiei. Condamnarea s-a făcut după codurile penale ale vremii, în baza articolului 62 despre tulburări şi tumulturi şi a articolului 90 despre tâlhării.
Pedeapsa urma să fie executată mai întâi asupra lui Cloşca, apoi asupra lui Horea. Tragerea pe roată trebuia să fie făcută de jos în sus, începând cu frângerea picioarelor, apoi să li se frângă mâinile. S-a interzis aplicarea loviturii de graţie, condamnaţii fiind lăsaţi să moară în chinuri. Publicarea sentinţei a fost publicată în aceeaşi zi, între orele 10-11, în faţa clădirii gărzii mari a cetăţii Alba Iulia. Fiind de faţă o mulţime de oameni, ea s-a şi citit, în limbile germană şi română.
Înainte de a fi executaţi, Horea şi Cloşca au fost împărtăşiţi de preotul ortodox Nicolae Raţ din Maierii Albei Iulii. Tot acesta le scrisese celor doi testamentele, la dictarea lor.
Pentru a efectua execuţia în mod cât mai spectaculor, comisia de anchetă a cerut încă dinaintea pronunţării sentinţei, pe data de 23 februarie, comitatelor Hunedoara, Alba, Sibiu şi Cluj, să trimită în noaptea de 27 februarie la Alba Iulia câte 6 ţărani din fiecare sat, trei bătrâni şi trei tineri, fără să li se spună în ce scop. La 28 februarie guvernatorul Transilvaniei a fost informat că numai din comitatul Hunedoarei sunt prezenţi la Alba Iulia 2.515 ţărani din 419 sate. Din celelalte comitate nu se ştie câţi ţărani români au fost trimişi să asiste la execuţie.
După moartea lui Horea, trupul său şi a lui Cloşca au fost tăiate în bucăţi, iar inimile şi intestinele îngropate la locul execuţiei. Nu se ştie unde au fost trimise părţile trupurilor lor.
Părţi din trupurile lui Horea şi Cloşca au fost expuse de autorităţile austriece în diferite locuri publice din satele din Transilvania, drept avertisment pentru iobagii români. Tradiţia populară spune că mâna dreaptă a lui Horea a fost expusă la Ţebea, judeţul Hunedoara, mai apoi ea fiind îngropată sub Gorunul lui Horea.
O parte dintre ţăranii capturaţi în timpul evenimentelor au fost executaţi de nobilimea maghiară, fără judecată, în cele mai oribile moduri, drept răzbunare. O altă parte a fost întemniţată şi a fost eliberată doar după ce împăratul Iosif al II-lea a decretat amnistia pentru toţi participanţii la răscoală. Cei consideraţi mai periculoşi dintre răsculaţi au fost deportaţi în zone mai îndepărtate de localităţile lor de baştină, în Banat şi în Maramureş.
În urma răscoalei iobagilor români din Munţii Apuseni s-au emis unele decrete imperiale care aveau rolul de a le uşura situaţia economică, dar acestea au avut un ecou prea slab pentru a conta semnificativ pentru aceştia. Ei au rămas în continuare iobagi până în anul 1848.
Răscoala condusă de Horea, Cloşca şi Crişan a avut un important rol în cristalizarea conştiinţei naţionale a românilor din Munţii Apuseni, cu serioase implicaţii în deceniile ce vor urma, contribuind la succesul revoluţiei române din Transilvania din anul 1848 şi la Marea Unire din anul 1918.
